Il territorio dell'Uganda, prevalentemente pianeggiante, copre una superficie di 241.038 km2 e con un'altezza media di circa 1.000 metri s.l.m. si estende tra i due rami della Great Rift Valley, frattura geologica creatasi dalla separazione delle placche tettoniche africana e araba e dalla separazione dell’Africa dell’Est dal resto del continente, in espansione da almeno 35 milioni di anni.
Il ramo occidentale di quest’immensa depressione, che costeggia l’Uganda a Ovest e attraversa la Tanzania Occidentale, assume il nome di Rift Valley o Fossa Albertina e ospita laghi di grandi dimensioni: il Lago Alberto e il Lago Edward in Uganda, il Lago Kivu sul confine tra il Ruanda e la Repubblica Democratica del Congo, il Lago Tanganica tra Tanzania, Repubblica Democratica del Congo, Burundi e Zambia e il Lago Malawi che tocca Malawi, Mozambico e Tanzania.
Da questo vasto altopiano semi-pianeggiante che costituisce il territorio dell’Uganda si elevano gruppi montuosi di origine diversa:
- a Est, lungo il confine con il Kenya, si trovano i resti di quello che nell’antichità era il vulcano più grande e più alto di tutta l’Africa;
- il Monte Elgon, inattivo, le cui dimensioni attuali sono il risultato delle eruzioni e del logorio subito nel corso delle ere geologiche;
- nella zona a Sud-Ovest si ergono tre vulcani antichi, oggi spenti e ricoperti da foreste, che appartengono al gruppo dei Monti Virunga, catena che si estende fino alla Repubblica Democratica del Congo dove si trova il Nyragongo, uno dei pochi vulcani ancora attivi del continente che ha fatto tantissime vittime durante l’ultima grande eruzione del 2002;
- a Nord dei Kigezi, nome con cui si identificano i coni vulcanici del Sud-Ovest dell’Uganda, si trovano i Monti Rwenzori che pur elevandosi dalla Fossa Albertina non sono di origine vulcanica: già conosciuti dai mercanti arabi ben prima che il geografo alessandrino Tolomeo li nominasse “Monti della Luna”, i Rwenzori sono tra le montagne più alte dell’Africa e occupano il terzo posto dopo il Kilimangiaro e il Monte Kenya (rispettivamente in Tanzania e Kenya).
L’Uganda si contraddistingue inoltre per l’immenso bacino idrografico che oltre a determinare la fisionomia e la natura del territorio ne condiziona il clima, con il massiccio montuoso dei Rwenzori che raccoglie una notevole quantità d’acqua e la convoglia nei fiumi e nei laghi della regione, alimentando il fiume Nilo.
Peculiare la presenza del Lago Vittoria, il più grande bacino africano e il secondo del pianeta, che con la parte settentrionale occupa il territorio dell’Uganda alimentando le acque del Nilo, suo emissario, che ne prende il nome (Nilo Vittoria) e a sua volta alimenta il Lago Kyoga e genera le Murchison Falls per poi gettarsi nel Lago Alberto e iniziare il suo viaggio verso il Mar Mediterraneo sotto il nome di Nilo Alberto o Nilo Bianco.
Fatta eccezione per l’estremo Nord-Est, dove prevale la zona semi-arida, il territorio dell’Uganda è ben irrigato e fertile grazie alla presenza d’acqua e di minerali che si sono dispersi durante le eruzioni vulcaniche del passato.